根據經驗或預測方法進行的安全評價在理論和實際上都還存在很多限制，即使是有效、高質量的安全評價也有其局限性。應該認識到在安全評價結果的基礎上作出的風險管理決策的質量，與對被評價對象的了解程度、對危險可能導致事故的認識程度和采用的評價方法本身的準確性等有關。
　　(1)不完整性。
　　安全評價的不完整性主要有兩個方面：首先是危險辨識階段，評價人員不可能保證找出所有的危險和潛在事故狀況；其次是對已辨識的危險不能保證考慮到所有可能引發事故的原因和事故的后果。但有經驗的專家，使用系統的安全評價方法及相關的經驗可辨識出最嚴重的危險及其事故的原因和后果。
　　(2)主觀性。
　　由于安全評價具有高度主觀的性質，評價結果與假設條件密切相關，不同的評價人員使用相同的資料評價同一個項目，可能會得出不同的結果。盡管有很多經驗性的預測方法，安全評價的質量在很大程度上還取決于判斷正確與否，尤其是假設條件。
　　(3)難于理解。
　　有些安全評價報告可能是長達幾百頁的表格，專家會議討論結果，故障樹、事件樹模型以及其他資料，冗長復雜的評價報告難于讓人理解和應用。
　　(4)與評價人員的經驗相關。
　　安全評價在很大程度上取決于評價人員的主觀判斷力、假設及經驗，有些評價方法需要評價人員憑經驗和判斷來預測事故原因和結果。對于相同的工藝，但由不同的評價人員來完成，其評價結果可能千差萬別。在某種程度上評價人員的經驗比評價方法更重要。
　　在很多情況下，安全評價是依靠評價專家組的集體智慧，使用定性方法宋確定潛在事故的危險性，由于許多事件在評價前沒有發生過，專家們必須憑主觀判斷確定可能導致事故的原因及其產生的后果，這種主觀性會影響評價結果的可靠性。
　　(5)安全評價所帶來的效益并不能直接得到驗證。
　　預防事故所能產生的經濟效益也不能確切估算出。但安全評價的效益會隨著時間的推移而逐步顯示出來。它主要包括：在項目的壽命全過程中很少發生事故；降低了事故的嚴重程度；改善了應急救援體系；提高了培訓水平并弄清工藝狀況；操作更加安全有效；修訂規章制度并改善了社會關系。
　　(6)即使對項目的壽命全過程進行高質量安全評價后，也并不能保證安全杜絕事故的發生。
　　(7)屬新興科學。
　　1996年(nian)國家(jia)勞動部提出建設(she)項目預(yu)評價工作(zuo)(zuo)，對現狀的安全評價工作(zuo)(zuo)至今沒(mei)有規定，而評價技術和格式都(dou)在研(yan)究和探討之中(zhong)。